Com caças Mirage F-1 e Kfir, além de aeronaves de ataque Sepecat Jaguar e A-37 Dragonfly, a Força Aérea do Equador podia ser considerada como “respeitável” 25 anos atrás. E foi por isso que o pequeno país “peitou” o Peru em 1995, no que ficou conhecido como Guerra do Cenepa. A escaramuça fronteiriça durou de 26 de janeiro a 28 de fevereiro e foi marcada pelo primeiro combate aéreo entre caças supersônicos na América do Sul: dois Sukhoi Su-22 peruanos foram abatidos por dois Mirage F-1 equatorianos.
O combate ocorreu por volta das 12h do dia 10 de fevereiro de 1995. Os Mirage detectaram seus alvos com o uso dos radares Cyrano IV, então acionaram seus pós-combustores e se posicionaram para encontrá-los chegando por trás. Cada F-1 abateu um alvo, ambos com mísseis Magic R550. Aparentemente os Su-22 não demonstraram nenhuma reação, mas o sistema de alerta radar (RWR) dos Mirage apitava a presença de um radar inimigo. Suspeita-se que seria de um Mirage 2000 peruano.
A artilharia antiaérea equatoriana abateria ainda dois helicópteros Mil Mi-8 e um helicóptero Mil Mi-25. Sabe-se que um jato de ataque A-37 Dragonfly peruano também foi abatido, até hoje havendo discussão se por um míssil antiaéreo ou por um míssil Shafrir 2 lançado por um IAI Kfir. Um bombardeiro Canberra também foi perdido, mas por acidente. Já o Equador teria perdido um A-37 por fogo inimigo. Também há dúvidas se um Kfir teria sido atingido por artilharia antiaérea. Recuperada, a aeronave teria voltado ao serviço operacional.
Felizmente, o conflito não escalou. Pelo lado Equatoriano, os jatos Jaguar foram mantidos longe da linha de frente, mas havia o temor peruano de que pudessem ser usados para atacar sua capital, Lima. Por outro lado, a despeito da possível participação no dia dos abates dos Su-22, não se sabe ao certo se o Peru enviou para a zona de combate seus Mirage 2000. Há dúvidas se essas aeronaves estariam em plena capacidade operacional ou se ficaram guardadas para a defesa da capital. O destaque peruano foram as missões noturnas realizadas pelos Canberra e pelos AT-27 Tucano.
Nos anos seguintes, o Peru adquiriu caças MiG-29 e aviões de ataque Sukhoi Su-25. Os MiG-29 possivelmente foram os primeiros jatos da América do Sul a contaram com mísseis capazes de atuar na arena Além do Alcance Visual (BVR). Por outro lado, o Equador ampliou sua frota de Kfir C2. Houve a tentativa de adquirir a versão mais moderna, Kfir C10, mas o negócio foi vetado pelo governo dos Estados Unidos.
O Brasil desempenhou papel preponderante nas negociações de paz. Tanto Equador quanto Peru se consideram vitoriosos no conflito, mas ambos cederam e assinaram a “Carta de Brasília”, assinada no Palácio do Itamaraty em 26 de outubro de 1998. Também assinaram os documentos os presidentes do Brasil, Argentina, Chile e Estados Unidos (via representante).
Entre 10 de março de 1995 e 30 de junho de 1999 o Brasil participou também da Missão de Observadores Militares Equador – Peru (MOMEP). Helicópteros HM-2 Black Hawk do Exército e aviões C-98 Caravan da Força Aérea Brasileira operaram diretamente na missão, além de outras aeronaves da FAB utilizadas na logística.
